中央流行疫情指揮中心4月21日接獲華航通報，該公司1名印尼籍40多歲男性貨機機師，4月20日執勤至澳洲時，於當地檢出COVID-19陽性，指揮中心隨即啟動個案在臺活動史的調查，並針對在臺接觸者匡列及採檢，其中2名接觸者檢出陽性，於4月23日確診，分別為案1090、案1091。 由於該名機師及案1091在台北、桃園清真寺有活動史，呼籲曾於4月16日、4月19日參與聚會的民眾，應進行14天自主健康管理，有疑似症狀儘速就醫。

  指揮中心表示，案1090為印尼籍10多歲男性，為該名機師同住家人，4月21日匡列為居家隔離接觸者，並由衛生單位安排就醫採檢，4月22日出現喉嚨乾痛、暈眩等症狀，於23日確診，Ct值30，且因自109年9月入境以來即無出國史，因此將列為本土病例。

  至於案1091為印尼籍50多歲男性，為該名機師同事，4月4日至4月10日曾執勤至美國，期間無症狀，返臺後於4月15日進行檢疫期滿採檢結果為陰性；4月16日因有疲憊、身體微熱情形，同日中午與該機師及案1090一同於台北清真寺活動，4月18日出現輕微咳嗽症狀，經服藥後症狀改善，因預計返回印尼探親，4月21日進行自費採檢，23日確診，Ct值27。

  指揮中心並公布個案活動史，於澳洲確診的印尼籍機師，4月19日下午曾於桃園市大園區清真寺活動，確切時間調查中，下午4點於全聯蘆竹南竹店也有短暫活動。至於案1091則於4月16日中午12時至1時於台北清真寺參與聚會。

  初步調查，3名個案雖有台北清真寺共同活動史，但是否為群聚事件，待進一步調查釐清。由於案1091發病前2日至住院隔離前曾有公共場所活動史，曾於該段時間及場所活動的民眾，自主健康管理14天，如有疑似症狀，請儘速戴口罩就醫，並主動告知醫師活動接觸史。

  指揮官陳時中表示，已緊急通知台北清真寺，取消23日的禮拜活動，一週內相關室內聚會也會暫緩舉行，等待調查結果。陳時中提到，當日台北清真寺參與活動人數達400人，室內、室外各有200人，不過寺方每日的定期消毒都有落實。他也提醒，檢驗陰性不代表不會染疫，除將對機師及其家人調整公費疫苗施打措施外，也會擴大施打對象，呼籲已符合資格者儘速施打，避免屆時人多需久候。