北北基颱風假近六年來首次出現不同調，也引發是否出勤以及如何計薪的困擾，對此台北市政府勞動局說明颱風過境相關勞動權益，勞動局長賴香伶表示，只要居住地、行經地及工作地，首長發佈停班停課，勞工即可不出勤，至於勞工居住地，則是依照居住事實認定。

  由於勞基法中並無「颱風假」，而是因應天然災害發生時所發佈的緊急避難通知，因此如當天勞工考量安全因素未出勤，無提供勞務事實，資方可不支付當天薪資，但不得視為曠工、遲到或強迫勞工以事假或其他假別處理，且不得強迫勞工補班、扣發全勤、解僱或為其他不利處分。

至於企業基於營運需要，工作內容上勞工有正常出勤必要，資方則須給付當天薪資。至於是否加發工資，賴香伶表示，經過勞資雙方協商後，勞工同意出勤，勞動局看法認為應加發一日工資，或按加班費的計算多給，而非僅用津貼加給，但目前法規上並無明訂，由資方視情況決定補貼加班費。

根據「天然災害發生事業單位勞工出勤管理及工資給付要點」第七點規定，勞工因天然災害發生無法出勤工作，雇主宜不扣發工資，但應雇主要求而出勤，雇主除當日工資照給外，宜加給工資，並提供交通工具、交通津貼或其他必要協助。

勞動局表示，勞工颱風天仍須到班，基於安全防護的考量，認為資方仍須提供交通津貼。勞工如因颱風假遭受不當對待，可以提出申訴，後續也會在勞檢中留意。

根據前述要點規定，勞工工作所在地、居住地或其正常上、下班必經地區經通報停止辦公，勞工即可主張退避權，以此次強颱瑪莉亞襲台為例，居住地在基隆而工作地在台北市，途中需要經過新北市，則勞工可以選擇不上班；但如戶籍在新北，實際居住、工作地在台北市，就不適用。

此次強颱過境，首次打破北北基決策圈的共識，也引發企業人力配置的問題。勞動局立場認為，颱風假主要依據風災等級，如政府認為企業管理、人力調度可納入放假考量，應評估災防假納入企業經營範圍，在「天然災害停止上班及上課作業辦法」中明訂。