立法院經濟委員會5月6日初審通過「工廠管理輔導法」部分條文修正案，增訂第28-5條、第28-6條，明定105年5月19日前既有低污染未登記工廠，應於修法通過後2年內申請納管，並在3年內提出計畫，完成環境改善措施後，申請登記為特定工廠，而廠商最遲須在新法施行日起10年內取得特定工廠登記。此外，曾經取得臨時登記的工廠，在原臨時登記事項範圍內，得申請登記為特定工廠。

當天通過的草案第28-7條、第28-8條則規範，取得特定工廠登記者，於登記期間應每年繳交營運管理金至取得土地及建築合法使用證明文件為止，可接水、接電維持正常營運，不適用土地及建築物等法令的處分。

根據政院所提修法版本，第28-9條規定取得特定工廠者，應依改善計畫使用，除非符合例外條件，否則不得有變更隸屬之事業主體、負責人、合夥人，或將土地及建築物轉供他人設廠等情事。

對此立委林岱樺認為，如果只針對與環保、公安相關的事項合理，但不應干涉廠商個人商業行為；不過也有立委認為如未設下限制，恐失去引導至合法工業用地的誘因。

由於逐條協商時多名立委針對第28-9條意見分歧，包含第28-10條有關用地計畫變更編定，以及特定工廠辦理使用地變更編定前應繳納回饋金的數額、第28-12條有關民眾檢舉105年5月20日後新增違章工廠及既有中高污染者的「吹哨者條款」，以及第28-13條有關業者違規罰則等條文，均保留協商。

現行取得臨時工廠登記的業者，在符合3K3班資格條件的基礎下，得據以引進外勞。經濟部工業局長呂正華表示，未來新法通過後，也會與目前臨登機制相同，取得特定工廠身份者，如有人力需求，且符合引進條件，也可申請外勞，但若只是提出改善計畫的階段就不適用。

草案明定，低污染既有未登記工廠，應於新法施行後2年內，自行或由地方政府通知申請納管，並在修正施行之日起3年內提出工廠改善計畫，每年繳交納管輔導金至取得特定工廠登記為止。工廠改善計畫經地方政府審查核定者，應於核定之日起兩年內改善完成，並限定新法施行日起十年內取得特定工廠登記。

為促使業者儘速辦理用地變更，草案第也規範經核准登記的特定工廠，在取得土地及建築合法使用證明文件前，每年應繳交營運管理金。另為與一般工廠做區別，特定工廠不得有增加廠房、廠地及建築物面積、增加或變更為非屬低污染產業類別或主要產品等情事。依規定辦理使用地變更編定前，應繳交回饋金予地方政府。