0206震災造成臺南地區受災嚴重，經濟部中小企業處成立「0206震災中小企業關懷服務團」，掌握中小企業受災情形並進行關懷，協助受災中小企業進行重建。有需要的企業，可電洽馬上辦中心服務專線諮詢，電話:0800-056-476。

  受災中小企業可運用貸款方案，包括「中小企業災害復舊專案貸款」及「企業小頭家貸款」等，持有受災地區鄉、鎮、市、區公所或地方主管機關出具受災證明，或經銀行調查屬實的中小企業，可向各往來銀行提出申請；擔保品不足者，可依信保基金規定提供貸款金額最高9成的信用保證，並免收手續費。另也提供原有貸款展延、寬延票據協處及提供地方產業輔導協處等措施。

  經濟部中小企業處提醒中小企業，發生災害受損時，應儘量蒐集完整受災證明，包括拍照存證，以利日後申請復舊貸款及相關租稅減免，相關辦法可至財政部賦稅署查詢，於稅務入口網下載租稅減免書表。